اتجهت أبصار الشيخ النبهان خارج نطاق مدرسته الخسروية وبعيداً عن أساتذته ، إنهم في المدرسة يدرسونه علوم الدنيا ، وهو يريد أن يعرف علوم الآخرة ،

ما أن استنفد السيد النبهان رضي الله عنه علوم شيخه أبي النصر وأسراره، حتى قام بجولة في بلاد الشام، يبحث عن مرشد أعلى أو كما سمّاه هو حامل مرتبة الفرد الذاتي، أو صاحب الوراثة المحمّدية .

بدأ الشيخ محمد النبهان بتزكية نفسه عن طريق المجاهدات التي ألزم نفسه بها والمجاهدة في نظر الصوفية هي بداية الطريق إلى الله ،

أول ما يجب على المريد أن يلتزم به في سلوكه أن يرعى حق الله تعالى في قلبه ،  وأول خطوة في هذه الرعاية أن يتحكم في جوارحه فلا يسمح لها بأن تتمرد على ما يجب أن تلتزم به من حقوق الله وتتمثل حقوق الله في أمور ثلاثة : 
 

الصدق مع الله تعالى والتجرد القلبي للهدف، بقوّة الطلب، وإقدام المتفائل المتيقن من الوصول بلا تشكِّك أو تردّد أو تقلّب أو تلفّت.

جمع السيد النبهان رضي الله عنه في سيره وسلوكه بين معانٍ متضاربة ظاهراً متلازمة باطناً، فالبسط والسرّور والرضا والطمأنينة بمقابلة الحَزَن الدائم، وهي مسألة ذوقية، فكيف يسوّغ هذا التناقض وكيف يُفهم؟!

لا بدّ لكل مسافر من زاد وراحلة .فأما الزاد فهو التقوى قال تعالى وتزودوا فإن خير الزاد التقوى  . وأما الراحلة هنا فهي الاعتقاد قال رضي الله عنه : (مطيتنا العظمى إلى الله هي الاعتقاد )..

سالك طريق القوم أهل الله باحثٌ عن الحقيقة، وحين يجد الناسَ بمنأى عنها يتخذ من العزلة حميةً ومن الخلوة سلّماً، متأسّياً بحال رسول الله صلى الله عليه وسلم قبل البعثة، يستأنس بالله تعالى وبذكره ، ويتدبر ما وراء هذا الكون من قدرة وعظمة،

وسار رضي الله عنه في طريق مفاده: خلِّ نفسك وتعال، وليس خلّ عقلك وتعال، إنما المطلوب مخالفة النفس

كان الشيخ المربي الكبير أبو النصر رحمه الله قد أقام السيد النبهان قدس سره مديراً ونائباً عنه لختم جامع باب الأحمر الذي يقع شرقي قلعة حلب وكان هذا الختم ليس له نظير من عدة وجوه